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The conservation status of the world’s reptiles
Böhm, Monika ; Collen, Ben (coaut.) ; Baillie, Jonathan E. M. (coaut.) ; Bowles, Philip (coaut.) ; Chanson, Janice (coaut.) ; Cox, Neil (coaut.) ; Hammerson, Geoffrey (coaut.) ; Hoffmann, Michael (coaut.) ; Livingstone, Suzanne R. (coaut.) ; Ram, Mala (coaut.) ; Rhodin, Anders G. J. (coaut.) ; Stuart, Simon N. (coaut.) ; van Dijk, Peter Paul (coaut.) ; Young, Bruce E. (coaut.) ; Afuang, Leticia E. (coaut.) ; Aghasyan, Aram (coaut.) ; García, Andrés (coaut.) ; Aguilar, César (coaut.) ; Ajtic, Rastko (coaut.) ; Akarsu, Ferdi (coaut.) ; Alencar, Laura R.V. (coaut.) ; Allison, Allen (coaut.) ; Ananjeva, Natalia (coaut.) ; Anderson, Steve (coaut.) ; Andrén, Claes (coaut.) ; Ariano Sánchez, Daniel (coaut.) ; Arredondo, Juan Camilo (coaut.) ; Auliya, Mark (coaut.) ; Austin, Christopher C. (coaut.) ; Avci, Aziz (coaut.) ; Baker, Patrick J. (coaut.) ; Barreto Lima, André F. (coaut.) ; Barrio Amorós, César L. (coaut.) ; Basu, Dhruvayothi (coaut.) ; Bates, Michael F. 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(coaut.) ; Werner, Yehudah L. (coaut.) ; Whiting, Martin J. (coaut.) ; Wiewandt, Thomas (coaut.) ; Wilkinson, John (coaut.) ; Wilson, Byron (coaut.) ; Wren, Sally (coaut.) ; Zamin, Tara (coaut.) ; Zhou, Kaiya (coaut.) ; Zug, George (coaut.) ;
Contenido en: Biological Conservation Vol. 157, (January 2013), p. 372–385 ISSN: 0006-3207
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Resumen en inglés

Effective and targeted conservation action requires detailed information about species, their distribution, systematics and ecology as well as the distribution of threat processes which affect them. Knowledge of reptilian diversity remains surprisingly disparate, and innovative means of gaining rapid insight into the status of reptiles are needed in order to highlight urgent conservation cases and inform environmental policy with appropriate biodiversity information in a timely manner. We present the first ever global analysis of extinction risk in reptiles, based on a random representative sample of 1500 species (16% of all currently known species). To our knowledge, our results provide the first analysis of the global conservation status and distribution patterns of reptiles and the threats affecting them, highlighting conservation priorities and knowledge gaps which need to be addressed urgently to ensure the continued survival of the world’s reptiles. Nearly one in five reptilian species are threatened with extinction, with another one in five species classed as Data Deficient. The proportion of threatened reptile species is highest in freshwater environments, tropical regions and on oceanic islands, while data deficiency was highest in tropical areas, such as Central Africa and Southeast Asia, and among fossorial reptiles. Our results emphasise the need for research attention to be focussed on tropical areas which are experiencing the most dramatic rates of habitat loss, on fossorial reptiles for which there is a chronic lack of data, and on certain taxa such as snakes for which extinction risk may currently be underestimated due to lack of population information. Conservation actions specifically need to mitigate the effects of human-induced habitat loss and harvesting, which are the predominant threats to reptiles.


2.
Tesis - Doctorado
Genética de poblaciones, flujo genético e hibridación de Crocodylus acutus y C. moreletii en la Península de Yucatán, México / José Rogelio Cedeño Vázquez
Cedeño-Vázquez, J.R. (autor) ; Calmé, Sophie (tutor) ; Ross, James Perran (asesor) ; Thorbjarnarson, John B. (asesor) (1957-2010) ; Lorenzo Monterrubio, Consuelo (asesora) ; Espinoza Medinilla, Eduardo E. (asesor) ;
Chetumal, Quintana Roo, México : El Colegio de la Frontera Sur , 2008
Disponible en línea
Clasificación: TE/597.987265 / C4
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Resumen en español

La aplicación de programas efectivos para la conservación de la biodiversidad requiere de la integración de datos ecológicos y moleculares. El mantenimiento de la variación genética y la identificación de unidades de manejo que reflejen linajes evolutivos específicos, son objetivos primarios en el manejo de especies amenazadas. En consecuencia el Grupo de Especialistas en Cocodrilos de la UICN ha puesto especial énfasis en la necesidad de información sobre el status de las poblaciones, y estudios de genética de poblaciones de las especies de cocodrilianos amenazadas. El propósito del presente trabajo fue la aplicación de ADN mitocondrial como marcado molecular para conocer la diversidad genética, la estructura genética poblacional y el flujo genético del cocodrilo americano (Crocodylus acutus) y del cocodrilo de pantano (C. moreletii) en el sureste de México, con énfasis en la península de Yucatán; así como la hibridación entre estas especies en el área de simpatría en el Caribe mexicano. Ambas especies están incluidas en la Lista Roja de especies amenazadas de la UICN y en el Apéndice I de CITES. El análisis de 477 pares de bases de la región mitocondrial tRNAProtRNAPhe- Dloop de 116 cocodrilos (52 C. acutus; 64 C. moreletii) reveló la existencia de individuos puros en las poblaciones de Crocodylus acutus (n = 43) y C. moreletii (n = 56), así como la presencia de cocodrilos híbridos en una proporción importante (n = 17, 14.6%). Aunque todos los individuos analizados pudieron ser asignados a una u otra de las especies con base en caracteres fenotípicos, 18 cocodrilos fueron etiquetados como híbridos potenciales en el campo por la presencia de escamación atípica. Después de excluir a los cocodrilos híbridos, se calcularon parámetros genéticos poblacionales al resto de los individuos de cada especie.

Únicamente tres haplotipos estuvieron presentes en C. acutus, y cuatro en C. moreletii. La diversidad de haplotipos (h) fue más alta en C. acutus (0.6722 ± 0.0229 DE) que en C. moreletii (0.3617 ± 0.0728 DE). Se encontró una diversidad de nucleótidos baja en ambas especies (π = 0.0017 en C. acutus; π = 0.0020 en C. moreletii), con pocos sitios polimórficos (dos en C. acutus; cuatro en C. moreletii) y bajos niveles de sustitución de nucleótidos. Las pruebas de AMOVA indican que existe una subdivisión poblacional mayor en C. moreletii (ФST = 0.86273, P < 0.05) que en C. acutus (ФST = 0.32246, P < 0.05), pero las poblaciones de C. acutus son más diversas internamente que las de C. moreletii. En general, las estimaciones de los valores del índice FST en la comparación por pares, sugieren subdivisión poblacional y tasas de migración (Nm) de moderadas a altas entre algunas de las poblaciones de ambas especies, lo cual es consistente con el modelo de aislamiento por distancia de flujo genético. La hibridación entre Crocodylus acutus y C. moreletii es bi-direccional, ocurre a través de la zona de simpatría en el área de estudio, pero se extiende hacia el interior de la península de Yucatán si se incluyen las localidades con presencia de híbridos en Belice, identificadas en estudios previos. La ocurrencia de hibridación en dos direcciones indica un contacto genético considerablemente mayor de lo previamente reconocido en estas especies, el cual es probablemente más perjudicial para la integridad genética de las poblaciones de C. acutus por ser más pequeñas. Esta preocupación demanda un estudio más completo de los patrones de hibridación y genética poblacional usando múltiples marcadores moleculares, mientras tanto C. acutus debe permanecer como una especie críticamente amenazada en la península de Yucatán.

Resumen en inglés

Effective programs for conserving biodiversity require the integration of both ecological and molecular data. Maintenance of genetic diversity and the identification of management units that reflect specific evolutionarily lineages are primary objectives in management of threatened species. Consequently the Crocodile Specialist Group of the IUCN has emphasized the need for information on population status and population genetic studies of threatened crocodilian species. The goals of this research were to explore the use of mitochondrial DNA sequences as molecular markers to infer genetic diversity, population genetic structure and gene flow of the American crocodile (Crocodylus acutus) and Morelet´s crocodile (C. moreletii) in southeastern Mexico, with emphasis in the Yucatan Peninsula populations, as well as interspecific hybridization between these species along the sympatric area in the Mexican Caribbean. Both species are listed on the IUCN Red List and in Appendix I of CITES. Analysis of 477 base pairs of the mitochondrial tRNAPro-tRNAPhe-Dloop region from 116 individuals (52 C. acutus; 64 C. moreletii) revealed the presence of pure Crocodylus acutus (n = 43) and C. moreletii (n = 56), as well as a high proportion of interspecific hybrids (n = 17, 14.6%). Although all individuals could be assigned to one species or other based on phenotypic characters, 18 crocodiles had been characterized as potential hybrids in the field by anomalous scale counts.

After removing hybrid crocodiles, population statistics were calculated for the remaining individuals. Only three haplotypes were present in C. acutus, and four in C. moreletii. Haplotypic diversity (h) was higher in C. acutus (0.6722 ± 0.0229 SD) than in C. moreletii (0.3617 ± 0.0728 SD). Low nucleotide diversity was found in both species (π = 0.0017 in C. acutus; π = 0.0020 in C. moreletii), few polymorphic sites (two in C. acutus; four in C. moreletii), and low levels of nucleotide substitution. AMOVA tests resulted in a major partitioning between sampling localities of C. moreletii (ФST = 0.86273, P < 0.05) than those of C. acutus (ФST = 0.32246, P < 0.05), but populations of the later are more diverse internally. Overall our findings of pairwise comparisons of FST values suggest some population subdivision and moderate to high migration rates among populations of both species, which are consistent with the isolation by distance model of gene flow. Hybridization between Crocodylus acutus and C. moreletii is bi-directional, and the hybridization zone lies along the area of sympatry between these species in this study, but extend further inland if previous hybrid localities from Belize are included. In addition, the occurrence of hybridization in two ways indicates considerably more genetic contact between these species than previously recognized, and is probably more detrimental to the genetic integrity of smaller C. acutus populations. In this concern, a more intensive study of the pattern of hybridization and population genetics using multiple molecular markers is warranted and supports continued classification of C. acutus as a critically threatened species in the Yucatan Peninsula.

Índice

Agradecimientos
Índice General
Lista de figuras
Lista de cuadros
Resumen
Abstract
Capítulo I. Introducción
Capítulo II. Materiales y Métodos
Área de estudio
Obtención de muestras
Extracción, amplificación y secuenciación de ADN
Análisis de secuencias
Análisis de datos
Diversidad Genética
Estructura Genética y Flujo Genético
Relaciones Filogeográficas
Hibridación
Capítulo III. Resultados
Diversidad Genética
Estructura Genética y Flujo Genético
Relaciones Filogeográficas
Hibridación
Capítulo IV. Discusión
Diversidad Genética
Estructura Genética y Flujo Genético
Relaciones Filogeográficas
Hibridación
Capítulo V. Conclusiones
Capítulo VI. Recomendaciones
Literatura Citada
Apéndice 1 Protocolo de extracción de ADN con Lisis celular/Fenol-cloroformo-alcoholisoamílico
Apéndice 2 Lista de muestras analizadas con asignación fenotípica (C.a. = C. acutus, C.m. = C. moreletii), haplotípica (CaA-C = haplotipos de C. acutus, CmA-D = haplotipos de C. moreletii y CrH= haplotipo de C. rhombifer), localidad, coord. geográficas (Lat. N, Long. O; en grados y decimales), longitud total (LT; en cm), sexo y status de la especie. Los acrónimos entre paréntesis seguidos de la localidad corresponden a los que están representados en la Figura 4
Apéndice 3 Secuencias de la región tRNAPro-tRNAPhe-Dloop de ADNmt (477 pb) identificadas en haplotipos de C. acutus (CaA-C), C. moreletii (CmA-D) y C. rhombifer (CrH). Se incluye el número de acceso asignado en el GeneBank y el tamaño de muestra para cada haplotipo.


3.
Artículo
Hybridization between Crocodylus acutus and Crocodylus moreletii in the Yucatan Peninsula: I. Evidence from mitochondrial DNA and morphology
Cedeño-Vázquez, J.R. ; Rodríguez, D. (coaut.) ; Calmé, Sophie (coaut.) ; Ross, James Perran (coaut.) ; Densmore, L. D. (coaut.) ; Thorbjarnarson, John B. (coaut.) ;
Contenido en: Journal of Experimental Zoology Part A: Ecological Genetics and Physiology Vol. 309A., no. 10 (2008), p. 661-673 ISSN: 1932-5231
Resumen en: Inglés |
Resumen en inglés

The American crocodile (Crocodylus acutus) and the Morelet's crocodile (C. moreletii) are broadly sympatric in Belize and Mexico. The presence of morphologically anomalous individuals in the overlapping range area suggests possible hybridization between these species. Analysis of 477 base pairs of the mitochondrial tRNA(Pro)-tRNA(Phe)-Dloop region revealed the presence of pure C. acutus (N=43) and C. moreletii (N=56), as well as a high proportion of interspecific hybrids (N=17, 14.6%) in the Yucatan Peninsula, Mexico. Although all individuals could be assigned to one species or other based on phenotypic characters, some had been characterized as potential hybrids in the field by anomalous scale counts. The hybridization zone lies along the area of sympatry between C. acutus and C. moreletii investigated in this study, but extends further inland if hybrid localities from Belize are included. Hybridization in the Yucatan Peninsula is bidirectional, which indicates considerably more genetic contact between these species than previously recognized, and is probably more detrimental to the genetic integrity of smaller C. acutus populations. A more intensive study of the pattern of hybridization is warranted and supports continued classification of C. acutus as a critically threatened species in the Yucatan Peninsula.


4.
Artículo
Population status and distribution of Crocodylus acutus and C. Moreletii in southeastern Quintana Roo, México
Cedeño-Vázquez, J.R. ; Ross, James Perran (coaut.) ; Calmé, Sophie (coaut.) ;
Clasificación: AR/333.95716 / C4
Contenido en: Herpetological Natural History Vol. 10, no. 1 (2006), p. 17-30 ISSN: 1473-0928
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Resumen en español

De febrero a octubre de 2002 realizamos censos nocturnos y un programa de marcaje-recaptura, para determinar el estado poblacional de Crocodylus acutus y C. moreletii en el sureste de Quintana Roo, México. Obtuvimos en total 645 registros (46 para C. acutus y 599 para C. moreletii) en 205.2 km recorridos. C. acutus ocurrió en hábitats con agua salada de la franja costera y C. moreletii en sistemas dulceacuícolas, pero ambas ocurren en sintopía en los canales de agua salobre localizados al norte de la Bahía de Chetumal. La población de C. acutus está compuesta principalmente por subadultos (53.1%), seguidos por los adultos (34.3%), y jóvenes (6.25%); mientras que la de C. moreletii está igualmente representada por subadultos (27.9%), jóvenes (27.6%), y adultos (25.9%), y los neonatos y crías de un año constituyen sólo el 9% y 9.4%, respectivamente. Las tasas de encuentro para C. acutus fueron más bajas que las de C. more - letii (0.13–2.69 y 0.87–7.57 cocodrilos/km, respectivamente). La proporción de sexos en la población de C. moreletii no fue diferente de 1:1. Actualmente no existen amenazas mayores para C. moreletii. Por el contrario, la baja población de C. acutus enfrenta amenazas como el ahogamiento accidental en redes de pesca y el futuro desarrollo turístico sin planeación en el hábitat de anidación.

Resumen en inglés

We conducted spotlight surveys and a mark-recapture program from February–October 2002 to determine the population status of the American and Morelet’s crocodiles (Crocodylus acutus and C. moreletii, respectively) in southeastern Quintana Roo, México. We detected 645 crocodiles (46 C. acutus, 599 C. moreletii) along 205.2 km of survey route. Crocodylus acutus occurred in coastal saltwater habitats, and C. moreletii inhabited freshwater systems. In brackish creeks located in northern Chetumal Bay, C. moreletii occurred syntopically with C. acutus. The C. acutus population was largely composed of subadults (53.1%), followed by adults (34.3%), and juveniles (6.25%); whereas C. moreletii was equally represented by subadults (27.9%), juveniles (27.6%), and adults (25.9%), while hatchlings and yearlings constituted only 9.0% and 9.4%, respectively. Encounter rates for C. acutus were lower than for C. moreletii (0.13–2.69 and 0.87–7.57 crocodiles/km, respectively). Population sex ratio was not significantly different from parity for C. moreletii. At present, there are no major threats to the continued survival of Morelet’s crocodile in the study area. On the other hand, the small population of C. acutus is threatened by accidental drowning in fishing nets and future development of nesting habitat for tourism.


5.
Tesis - Maestría
Estado de conservación de Crocodylus acutus y Crocodylus moreletii en el Río Hondo, Bahía de Chetumal y áreas anexas, Quintana Roo, México / José Rogelio Cedeño Vázquez
Cedeño-Vázquez, J.R. (autor) ; Calmé, Sophie (tutor) ; Ross, James Perran (asesor) ; Sosa Cordero, Eloy (asesor) ;
Chetumal, Quintana Roo, México : El Colegio de la Frontera Sur , 2002
Clasificación: TE/333.95716 / C4
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Índice | Resumen en: Español |
Resumen en español

En el pasado, la explotación comercial de los cocodrilos para el aprovechamiento de su piel, redujo de manera importante las poblaciones de la mayoría de las especies. Actualmente, de las 23 especies de cocodrilianos que existen en el mundo, 19 se encuentran reconocidas por la Unión Internacional para la Conservación de la Naturaleza (UICN) como amenazadas, incluyendo las tres especies mexicanas: el cocodrilo americano (Crocodylus acutus), el cocodrilo de pantano (Crocodylus moreletii) y el caimán (Caiman crocodilus). Las dos especies de Crocodylus están incluidas en el Apéndice I de CHES, por lo que su comercio intemaciorwl está prohibido. Además, ambas se encuentran en Protección Especial en la lista de especies amenazadas de Norma Oficial Mexicana (NOM-059-ECOL-2000). El rango de distribución de estas dos especies en México es bien conocido, no obstante, poco ha se ha publicado respecto al estado de conservación de sus poblaciones silvestres, de ahí que los estudios orientados en este sentido sean prioritarios. La carencia de información de base a este respecto en el área de estudio, motivó la realización del presente trabajo. De febrero a octubre de 20002 se llevaron a cabo censos nocturnos, incluyendo captura, mareaje y recaptura de cocodrilos para determinar el estado actual de las poblaciones de Crocodylus acutus y Crocodylus moreletii en el Río Hondo, bahía de Chetumal y áreas anexas. Se observaron en total 770 cocodrilos (53 C. acutus, y 717 C. moreletii) en 203.4 km distribuidos en 17 localidades. Ambas especies se encuentran ampliamente distribuidas, C. acutus habitando sitios de agua salada, y C. moreletii sistemas de agua dulce como el Río Hondo, donde se registro la mayor abundancia (525 individuos).

Por otro lado, en los canales de agua salobre, ubicados en la porción norte de la Bahía de Chetumal, ambas especies comparten el hábitat, donde C. moreletii es más abundante que C. acutus. Se registraron abundancias relativas más bajas en C. acutus que en C. moreletii (0.11-2.66 y 0.23-12 cocodrilos / km, respectivamente). La estructura de la población de C. moreletii está bien representada por todas las clases de tallas; sin embargo, en C. acutus las clases más pequeñas (crías y jóvenes) presentan muy pocos individuos. La proporción de sexos en la población de ambas especies no fue significativamente diferente de 1:1. Actualmente, no existen grandes amenazas para la sobrevivencia del cocodrilo de pantano en el área de estudio, cuya población es saludable; no obstante la baja población del cocodrilo americano enfrenta amenazas como el ahogamiento accidental en redes de pesca y el futuro desarrollo turístico que pueda darse sobre el hábitat de anidación de la especie en la franja costera.

Índice

Agradecimientos
Resumen
Introducción
Objetivos
Área de estudio
Publicación Population status and conservation of the American crocodile, Crocodylus acutus and Morelet's crocodile, Crocodylus moreletii, in southeastem Quintana Roo, México
Discusión
Conclusión
Literatura citada