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No. de sistema: 000008896

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100 1 _ a| Miranda Marín, María Isabel
245 1 0 a| Filogenia molecular del género Eugerres Jordan y Evermann, 1927 (Teleostei: gerreidae)
c| María Isabel Miranda Marín
260 _ _ a| La Paz, Baja California Sur, México
b| Instituto Politécnico Nacional, Centro Interdisciplinario de Ciencias Marinas
c| 2014
300 _ _ a| vii, 92 h.
b| fot.
502 _ _ a| Tesis (Maestría en Ciencias en Manejo de Recursos Marinos)--Instituto Politécnico Nacional, Centro Interdisciplinario de Ciencias Marinas, 2014
504 _ _ a| Bibliografía (h. 50-57)
505 2 _ a| Lista de Figuras.. Lista de Tablas.. Glosario.. Resumen.. Abstract.. Introducción.. Antecedentes.. Justificación.. Hipótesis.. Objetivo General.. Objetivos Particulares.. Material y Métodos.. Obtención de muestras biológicas.. Extracción de ADN, amplificación conducida por la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) y secuenciación.. Análisis de datos.. Análisis de Máxima Parsimonia.. Asignación de un modelo explícito de sustitución.. Análisis de Máxima Verosimilitud.. Análisis Bayesiano.. Cálculo de distancias genéticas.. Resultados.. Análisis de Máxima Parsimonia.. Análisis de Máxima Verosimilitud.. Análisis de Inferencia Bayesiana.. Cálculo de distancias genéticas.. Análisis filogenéticos sin incluir al componente dulceacuícola (E. castroaguirrei + E. mexicanus) como parte del género Eugerres.. Análisis de Máxima Parsimonia (sin incluir al componente dulceacuícola del género Eugerres).. Análisis de Máxima Verosimilitud (sin incluir al componente dulceacuícola del género Eugerres).. Análisis de Inferencia Bayesiana (sin incluir al componente dulceacuícola del género Eugerres).. Discusión.. Conclusiones.. Literatura Citada
505 2 _ a| Anexos.. Anexo 1. Datos de identificación, recolecta y colección de depósito de los ejemplares recolectados (Diapterus brevirostris, Eugerres awlae, Eugerres axillaris, Eugerres castroaguirrei, Eugerres lineatus, Eugerres mexicanus, Eugerres plumieri y Gerres cinereus) y de aquellos depositados en el Sistema de Códigos de Barras de la Vida (Eugerres brasilianus y Eucinostomus currani).. Anexo 2. Procedimiento seguido para la extracción de ADN mediante la técnica de fenol-cloroformo.. Anexo 3. Protocolo del Centro Canadiense para la Amplificación del Código de Barras de la Vida (citocromo c oxidasa subunidad 1), desarrollado por Ivanova y Graninger (2006).. Anexo 4. Número de secuencias genéticas obtenidas a partir de un fragmento de genoma mitocondrial (COI), analizadas por especie del género Eugerres y grupos externos. Entre paréntesis, el acrónimo de la especie usado en todos los análisis.. Anexo 5. Matriz de las secuencias genéticas (COI) utilizadas para generar los cladogramas a partir de los métodos de Parsimonia, Máxima Verosimilitud e Inferencia Bayesiana
505 0 _ a| Glosario (h. v-vii)
520 _ _ a| El género Eugerres Jordan y Evermann, 1927 está representado por tres especies con distribución en el Pacífico oriental tropical: E. axillaris (Günther, 1864), E. brevimanus (Günther, 1864) y E. lineatus (Humboldt, 1821); otras tres especies distribuidas en el Atlántico occidental tropical: E. awlae (Schultz, 1949), E. brasilianus (Cuvier, 1830) y E. plumieri (Cuvier, 1830); y dos más, de ambientes dulceacuícolas del sureste de México y norte de Guatemala: E. mexicanus (Steindachner, 1869) y E. castroaguirrei González-Acosta y Rodiles-Hernández, 2013. Estudios filogenéticos sustentados en el análisis morfológicos, han demostrado que el género Eugerres es un grupo monofilético; dicha hipótesis fue contrastada en el presente estudio, utilizando información de tipo molecular. Para ello, se analizaron 61 secuencias genéticas de un segmento de gen mitocondrial (citocromo c oxidasa subunidad 1, COI por sus siglas en inglés); siete de ellas obtenidas del Sistema de Código de Barras de la Vida (BOLD System) para las especies E. brasilianus y Eucinostomus currani Zahuranec, y 54 secuencias de ejemplares recolectados en campo que corresponden al resto de las especies que integran el grupo interno (Eugerres spp., con excepción de E. brevimanus) y dos grupos externos: Diapterus brevirostris (Ranzani, 1842) y Gerres cinereus Walbaum, 1792.
520 _ _ a| Con esta información, se generó una matriz de secuencias alineadas que fue utilizada para llevar las reconstrucciones filogenéticas del género Eugerres, aplicando los métodos de Máxima Parsimonia, Máxima Verosimilitud e Inferencia Bayesiana. Las topologías de los árboles resultantes permitió determinar que el género Eugerres constituye un grupo parafilético-polifilético, en donde el componente dulceacuícola manifiesta un origen evolutivo independiente con relación al grupo de especies de Eugerres con distribución en ambientes marino-estuarinos. A su vez, éstas últimas podrían reflejar una relación antigua entre las cuencas del Atlántico occidental y Pacífico oriental.
520 1 _ a| The genus Eugerres Jordan and Evermann, 1927 is represented by three species with distribution in the tropical eastern Pacific: E. axillaris (Günther, 1864), E. brevimanus (Günther, 1864), and E. lineatus (Humboldt, 1821). Other three species distributed in the tropical western Atlantic: E. awlae (Schultz, 1949), E. brasilianus (Cuvier, 1830), and E. plumieri (Cuvier, 1830), plus two species in freshwater ecosystems of the southeastern Mexico and northern Guatemala: E. mexicanus (Steindachner, 1869) and E. castroaguirrei González-Acosta y Rodiles-Hernández, 2013. Phylogenetic studies based on morphological characters have confirmed the monophyly of the genus Eugerres. The hypothesis on the monophyly of this genus was tested using molecular data. We analyzed 61 genetic sequences from the cytochrome c oxidase subunit 1 (COI) of mitochondrial gene segment, seven of them obtained from the life data barcode system (BOLD system) for E. brasilianus and Eucinostomus currani Zahuranec, 1980. Other 54 sequences from collected specimens in field belonging to included to the ingroup (Eugerres spp., with exception E. brevimanus) and those from de outgroup Diapterus brevimanus (Ranzani, 1842) and Gerres cinereus Walbaum, 1792 were also sequenced. A matrix of data was employed for the phylogenetic reconstruction of the genus Eugerres by using Maximum Parsimony, Maximum Likelihood, and Bayesian Inference methods. Based on the resulting topologies, we determined that the genus Eugerres is a paraphyletic-polyphyletic group, where the freshwater group showed an independent origin from the marine-estuarine Eugerres spp. The marine-estuarine species could reflect an ancient relationship between the eastern Pacific (E. axillaris and E. lineatus) and western Atlantic (E. awlae, E. plumieri and E. brasilianus) basins.
650 _ 4 a| Eugerres
650 _ 4 a| Peces
650 _ 4 a| Filogenética
650 _ 4 a| Taxonomía de peces
651 _ 4 a| Baja California Sur (México)
651 _ 4 a| Chiapas (México)
651 _ 4 a| Tabasco (México)
651 _ 4 a| Veracruz de Ignacio de la Llave (México)
651 _ 4 a| Quintana Roo (México)
654 1 _ a| Fisheries
700 1 _ a| González Acosta, Adrián Felipe
e| director
700 1 _ a| Escalante Pliego, Patricia
e| directora
700 1 _ a| Siqueiros Beltrones, David Alfaro
e| asesor
700 1 _ a| De la Cruz Agüero, Gustavo
e| asesor
700 1 _ a| Rodiles Hernández, María del Rocío
d| 1956-
e| asesora
856 4 1 u| http://www.repositoriodigital.ipn.mx/handle/123456789/20010
z| Tesis electrónica
901 _ _ a| Maestría
902 _ _ a| GOG / MM
904 _ _ a| Septiembre 2014
905 _ _ a| Ecosur
905 _ _ a| Frosur
905 _ _ a| Biblioelectrónica
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Filogenia molecular del género Eugerres Jordan y Evermann, 1927 (Teleostei: gerreidae) / María Isabel Miranda Marín
Miranda Marín, María Isabel (autor)
González Acosta, Adrián Felipe (director)
Escalante Pliego, Patricia (directora)
Siqueiros Beltrones, David Alfaro (asesor)
De la Cruz Agüero, Gustavo (asesor)
Rodiles Hernández, María del Rocío, 1956- (asesora)
Editor: La Paz, Baja California Sur, México : Instituto Politécnico Nacional, Centro Interdisciplinario de Ciencias Marinas, 2014
Descripción: vii, 92 h. : fot.
Tesis: Tesis (Maestría en Ciencias en Manejo de Recursos Marinos)--Instituto Politécnico Nacional, Centro Interdisciplinario de Ciencias Marinas, 2014
Nota: Bibliografía (h. 50-57)
No. de sistema: 8896
Tipo: Tesis - Maestría
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    Glosario (h. v-vii)

Lista de Figuras
Lista de Tablas
Glosario
Resumen
Abstract
Introducción
Antecedentes
Justificación
Hipótesis
Objetivo General
Objetivos Particulares
Material y Métodos
Obtención de muestras biológicas
Extracción de ADN, amplificación conducida por la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) y secuenciación
Análisis de datos
Análisis de Máxima Parsimonia
Asignación de un modelo explícito de sustitución
Análisis de Máxima Verosimilitud
Análisis Bayesiano
Cálculo de distancias genéticas
Resultados
Análisis de Máxima Parsimonia
Análisis de Máxima Verosimilitud
Análisis de Inferencia Bayesiana
Cálculo de distancias genéticas
Análisis filogenéticos sin incluir al componente dulceacuícola (E. castroaguirrei + E. mexicanus) como parte del género Eugerres
Análisis de Máxima Parsimonia (sin incluir al componente dulceacuícola del género Eugerres)
Análisis de Máxima Verosimilitud (sin incluir al componente dulceacuícola del género Eugerres)
Análisis de Inferencia Bayesiana (sin incluir al componente dulceacuícola del género Eugerres)
Discusión
Conclusiones
Literatura Citada

Anexos
Anexo 1. Datos de identificación, recolecta y colección de depósito de los ejemplares recolectados (Diapterus brevirostris, Eugerres awlae, Eugerres axillaris, Eugerres castroaguirrei, Eugerres lineatus, Eugerres mexicanus, Eugerres plumieri y Gerres cinereus) y de aquellos depositados en el Sistema de Códigos de Barras de la Vida (Eugerres brasilianus y Eucinostomus currani)
Anexo 2. Procedimiento seguido para la extracción de ADN mediante la técnica de fenol-cloroformo
Anexo 3. Protocolo del Centro Canadiense para la Amplificación del Código de Barras de la Vida (citocromo c oxidasa subunidad 1), desarrollado por Ivanova y Graninger (2006)
Anexo 4. Número de secuencias genéticas obtenidas a partir de un fragmento de genoma mitocondrial (COI), analizadas por especie del género Eugerres y grupos externos. Entre paréntesis, el acrónimo de la especie usado en todos los análisis
Anexo 5. Matriz de las secuencias genéticas (COI) utilizadas para generar los cladogramas a partir de los métodos de Parsimonia, Máxima Verosimilitud e Inferencia Bayesiana

Español

"El género Eugerres Jordan y Evermann, 1927 está representado por tres especies con distribución en el Pacífico oriental tropical: E. axillaris (Günther, 1864), E. brevimanus (Günther, 1864) y E. lineatus (Humboldt, 1821); otras tres especies distribuidas en el Atlántico occidental tropical: E. awlae (Schultz, 1949), E. brasilianus (Cuvier, 1830) y E. plumieri (Cuvier, 1830); y dos más, de ambientes dulceacuícolas del sureste de México y norte de Guatemala: E. mexicanus (Steindachner, 1869) y E. castroaguirrei González-Acosta y Rodiles-Hernández, 2013. Estudios filogenéticos sustentados en el análisis morfológicos, han demostrado que el género Eugerres es un grupo monofilético; dicha hipótesis fue contrastada en el presente estudio, utilizando información de tipo molecular. Para ello, se analizaron 61 secuencias genéticas de un segmento de gen mitocondrial (citocromo c oxidasa subunidad 1, COI por sus siglas en inglés); siete de ellas obtenidas del Sistema de Código de Barras de la Vida (BOLD System) para las especies E. brasilianus y Eucinostomus currani Zahuranec, y 54 secuencias de ejemplares recolectados en campo que corresponden al resto de las especies que integran el grupo interno (Eugerres spp., con excepción de E. brevimanus) y dos grupos externos: Diapterus brevirostris (Ranzani, 1842) y Gerres cinereus Walbaum, 1792."

"Con esta información, se generó una matriz de secuencias alineadas que fue utilizada para llevar las reconstrucciones filogenéticas del género Eugerres, aplicando los métodos de Máxima Parsimonia, Máxima Verosimilitud e Inferencia Bayesiana. Las topologías de los árboles resultantes permitió determinar que el género Eugerres constituye un grupo parafilético-polifilético, en donde el componente dulceacuícola manifiesta un origen evolutivo independiente con relación al grupo de especies de Eugerres con distribución en ambientes marino-estuarinos. A su vez, éstas últimas podrían reflejar una relación antigua entre las cuencas del Atlántico occidental y Pacífico oriental."

Inglés

"The genus Eugerres Jordan and Evermann, 1927 is represented by three species with distribution in the tropical eastern Pacific: E. axillaris (Günther, 1864), E. brevimanus (Günther, 1864), and E. lineatus (Humboldt, 1821). Other three species distributed in the tropical western Atlantic: E. awlae (Schultz, 1949), E. brasilianus (Cuvier, 1830), and E. plumieri (Cuvier, 1830), plus two species in freshwater ecosystems of the southeastern Mexico and northern Guatemala: E. mexicanus (Steindachner, 1869) and E. castroaguirrei González-Acosta y Rodiles-Hernández, 2013. Phylogenetic studies based on morphological characters have confirmed the monophyly of the genus Eugerres. The hypothesis on the monophyly of this genus was tested using molecular data. We analyzed 61 genetic sequences from the cytochrome c oxidase subunit 1 (COI) of mitochondrial gene segment, seven of them obtained from the life data barcode system (BOLD system) for E. brasilianus and Eucinostomus currani Zahuranec, 1980. Other 54 sequences from collected specimens in field belonging to included to the ingroup (Eugerres spp., with exception E. brevimanus) and those from de outgroup Diapterus brevimanus (Ranzani, 1842) and Gerres cinereus Walbaum, 1792 were also sequenced. A matrix of data was employed for the phylogenetic reconstruction of the genus Eugerres by using Maximum Parsimony, Maximum Likelihood, and Bayesian Inference methods. Based on the resulting topologies, we determined that the genus Eugerres is a paraphyletic-polyphyletic group, where the freshwater group showed an independent origin from the marine-estuarine Eugerres spp. The marine-estuarine species could reflect an ancient relationship between the eastern Pacific (E. axillaris and E. lineatus) and western Atlantic (E. awlae, E. plumieri and E. brasilianus) basins."