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6 resultados encontrados para: AUTOR: Hebert, Paul D. N.
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1.
Artículo
Using eDNA to biomonitor the fish community in a tropical oligotrophic lake
Valdéz Moreno, Martha (autora) ; Ivanova, Natalia V. (autora) ; Elías Gutiérrez, Manuel (autor) ; Pedersen, Stephanie L. (autora) ; Bessonov, Kyrylo (autor) ; Hebert, Paul D. N. (autor) ;
Contenido en: PLoS One Vol. 14, no. 4, e0215505 (April 2019), p. 1-22 ISSN: 0173-9565
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Environmental DNA (eDNA) is an effective approach for detecting vertebrates and plants, especially in aquatic ecosystems, but prior studies have largely examined eDNA in cool temperate settings. By contrast, this study employs eDNA to survey the fish fauna in tropical Lake Bacalar (Mexico) with the additional goal of assessing the possible presence of invasive fishes, such as Amazon sailfin catfish and tilapia. Sediment and water samples were collected from eight stations in Lake Bacalar on three occasions over a 4-month interval. Each sample was stored in the presence or absence of lysis buffer to compare eDNA recovery. Short fragments (184–187 bp) of the cytochrome c oxidase I (COI) gene were amplified using fusion primers and then sequenced on Ion Torrent PGM or S5 before their source species were determined using a custom reference sequence database constructed on BOLD. In total, eDNA sequences were recovered from 75 species of vertebrates including 47 fishes, 15 birds, 7 mammals, 5 reptiles, and 1 amphibian. Although all species are known from this region, six fish species represent new records for the study area, while two require verification. Sequences for five species (2 birds, 2 mammals, 1 reptile) were only detected from sediments, while sequences from 52 species were only recovered from water. Because DNA from the Amazon sailfin catfish was not detected, we used a mock eDNA experiment to confirm our methods would enable its detection. In summary, we developed protocols that recovered eDNA from tropical oligotrophic aquatic ecosystems and confirmed their effectiveness in detecting fishes and diverse species of vertebrates.


2.
Artículo
The database of the PREDICTS (Projecting Responses of Ecological Diversity In Changing Terrestrial Systems) project
Hudson, Lawrence N. (autor) ; Newbold, Tim (coaut.) ; Contu, Sara (coaut.) ; Hill, Samantha L. L. (coaut.) ; Lysenko, Igor (coaut.) ; De Palma, Adriana (coaut.) ; Phillips, Helen R. P. (coaut.) ; Alhusseini, Tamera I. (coaut.) ; Bedford, Felicity E. (coaut.) ; Bennett, Dominic J. (coaut.) ; Booth, Hollie. (coaut.) ; Burton, Victoria J. (coaut.) ; Chng, Charlotte W. T. (coaut.) ; Choimes, Argyrios (coaut.) ; Correia, David L. P. (coaut.) ; Day, Julie (coaut.) ; Echeverría Londoño, Susy (coaut.) ; Emerson, Susan R. (coaut.) ; Gao, Di (coaut.) ; Garon, Morgan (coaut.) ; Harrison, Michelle L. K. (coaut.) ; Ingram, Daniel J. (coaut.) ; Jung, Martin (coaut.) ; Kemp, Victoria (coaut.) ; Kirkpatrick, Lucinda (coaut.) ; Martin, Callum D. (coaut.) ; Pan, Yuan (coaut.) ; Pask Hale, Gwilym D. (coaut.) ; Pynegar, Edwin L. (coaut.) ; Robinson, Alexandra N. (coaut.) ; Sánchez Ortiz, Katia (coaut.) ; Senior, Rebecca A. (coaut.) ; Simmons, Benno I. (coaut.) ; White, Hannah J. (coaut.) ; Zhang, Hanbin (coaut.) ; Aben, Job (coaut.) ; Abrahamczyk, Stefan (coaut.) ; Adum, Gilbert B. (coaut.) ; Aguilar Barquero, Virginia (coaut.) ; Aizen, Marcelo A. (coaut.) ; Albertos, Belén (coaut.) ; Alcalá, Elio L. (coaut.) ; Alguacil, María del Mar (coaut.) ; Alignier, Audrey (coaut.) ; Ancrenaz, Marc (coaut.) ; Andersen, Alan N. (coaut.) ; Arbeláez Cortés, Enrique (coaut.) ; Armbrecht, Inge (coaut.) ; Arroyo Rodríguez, Víctor (coaut.) ; Aumann, Tom (coaut.) ; Axmacher, Jan C. (coaut.) ; Azhar, Badrul (coaut.) ; Azpiroz, Adrián B. (coaut.) ; Baeten, Lander (coaut.) ; Bakayoko, Adama (coaut.) ; Báldi, András (coaut.) ; Banks, John E. (coaut.) ; Baral, Sharad K. (coaut.) ; Barlow, Jos (coaut.) ; Barratt, Barbara I. P. (coaut.) ; Barrico, Lurdes (coaut.) ; Bartolommei, Paola (coaut.) ; Barton, Diane M. (coaut.) ; Basset, Yves (coaut.) ; Batáry, Péter (coaut.) ; Bates, Adam J. (coaut.) ; Baur, Bruno (coaut.) ; Bayne, Erin M. (coaut.) ; Beja, Pedro (coaut.) ; Benedick, Suzan (coaut.) ; Berg, Åke (coaut.) ; Bernard, Henry (coaut.) ; Berry, Nicholas J. (coaut.) ; Bhatt, Dinesh (coaut.) ; Bicknell, Jake E. (coaut.) ; Bihn, Jochen H. (coaut.) ; Blake, Robin J. (coaut.) ; Bobo, Kadiri S. (coaut.) ; Bóçon, Roberto (coaut.) ; Boekhout, Teun (coaut.) ; Böhning Gaese, Katrin (coaut.) ; Bonham, Kevin J. (coaut.) ; Borges, Paulo A. V. (coaut.) ; Borges, Sérgio H. (coaut.) ; Boutin, Céline (coaut.) ; Bouyer, Jérémy (coaut.) ; Bragagnolo, Cibele (coaut.) ; Brandt, Jodi S. (coaut.) ; Brearley, Francis Q. (coaut.) ; Brito, Isabel (coaut.) ; Bros, Vicenç (coaut.) ; Brunet, Jörg (coaut.) ; Buczkowski, Grzegorz (coaut.) ; Buddle, Christopher M. (coaut.) ; Bugter, Rob (coaut.) ; Buscardo, Erika (coaut.) ; Buse, Jörn (coaut.) ; Cabra García, Jimmy (coaut.) ; Cáceres, Nilton C. (coaut.) ; Cagle, Nicolette L. (coaut.) ; Calviño Cancela, María (coaut.) ; Cameron, Sydney A. (coaut.) ; Cancello, Eliana M. (coaut.) ; Caparrós, Rut (coaut.) ; Cardoso, Pedro (coaut.) ; Carpenter, Dan (coaut.) ; Carrijo, Tiago F. (coaut.) ; Carvalho, Anelena L. (coaut.) ; Cassano, Camila R. (coaut.) ; Castro, Helena (coaut.) ; Castro Luna, Alejandro A. (coaut.) ; Cerda B., Rolando (coaut.) ; Cerezo, Alexis (coaut.) ; Chapman, Kim Alan (coaut.) ; Chauvat, Matthieu (coaut.) ; Christensen, Morten (coaut.) ; Clarke, Francis M. (coaut.) ; Cleary, Daniël Francis Richard (coaut.) ; Colombo, Giorgio (coaut.) ; Connop, Stuart P. (coaut.) ; Craig, Michael D. (coaut.) ; Cruz López, Leopoldo Caridad (coaut.) ; Cunningham, Saul A. (coaut.) ; D’Aniello, Biagio (coaut.) ; D'Cruze, Neil C. (coaut.) ; da Silva, Pedro Giovâni (coaut.) ; Dallimer, Martin (coaut.) ; Danquah, Emmanuel (coaut.) ; Darvill, Ben (coaut.) ; Dauber, Jens (coaut.) ; Davis, Adrian L. V. (coaut.) ; Dawson, Jeff (coaut.) ; de Sassi, Claudio (coaut.) ; de Thoisy, Benoit (coaut.) ; Deheuvels, Olivier (coaut.) ; Dejean, Alain (coaut.) ; Devineau, Jean Louis (coaut.) ; Diekötter, Tim (coaut.) ; Dolia, Jignasu V. (coaut.) ; Domínguez, Erwin (coaut.) ; Domínguez Haydar, Yamileth (coaut.) ; Dorn, Silvia (coaut.) ; Draper, Isabel (coaut.) ; Dreber, Niels (coaut.) ; Dumont, Bertrand (coaut.) ; Dures, Simon G. (coaut.) ; Dynesius, Mats (coaut.) ; Edenius, Lars (coaut.) ; Eggleton, Paul (coaut.) ; Eigenbrod, Felix (coaut.) ; Elek, Zoltán (coaut.) ; Entling, Martin H. (coaut.) ; Esler, Karen J. (coaut.) ; Lima, Ricardo F. de (coaut.) ; Faruk, Aisyah (coaut.) ; Farwig, Nina (coaut.) ; Fayle, Tom M. (coaut.) ; Felicioli, Antonio (coaut.) ; Felton, Annika M. (coaut.) ; Fensham, Roderick J. (coaut.) ; Fernández, Ignacio C. (coaut.) ; Ferreira, Catarina C. (coaut.) ; Ficetola, Gentile F. (coaut.) ; Fiera, Cristina (coaut.) ; Filgueiras, Bruno K. C. (coaut.) ; Fırıncıoğlu, Hüseyin K. 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Contenido en: Ecology and Evolution Vol. 7, no. 1 (January 2017), p. 145–188 ISSN: 2045-7758
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The PREDICTS project-Projecting Responses of Ecological Diversity In Changing Terrestrial Systems (www.predicts.org.uk)-has collated from published studies a large, reasonably representative database of comparable samples of biodiversity from multiple sites that differ in the nature or intensity of human impacts relating to land use. We have used this evidence base to develop global and regional statistical models of how local biodiversity responds to these measures. We describe and make freely available this 2016 release of the database, containing more than 3.2 million records sampled at over 26,000 locations and representing over 47,000 species. We outline how the database can help in answering a range of questions in ecology and conservation biology. To our knowledge, this is the largest and most geographically and taxonomically representative database of spatial comparisons of biodiversity that has been collated to date; it will be useful to researchers and international efforts wishing to model and understand the global status of biodiversity.


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Microgastrine wasps are among the most species-rich and numerous parasitoids of caterpillars (Lepidoptera). They are often host-specific and thus are extensively used in biological control efforts and figure prominently in trophic webs. However, their extraordinary diversity coupled with the occurrence of many cryptic species produces a significant taxonomic impediment. We present and release the results of 8 years (2004–2011) of DNA barcoding microgastrine wasps. Currently they are the best represented group of parasitoid Hymenoptera in the Barcode of Life Data System (BOLD), a massive barcode storage and analysis data management site for the International Barcoding of Life (iBOL) program. There are records from more than 20 000 specimens from 75 countries, including 50 genera (90% of the known total) and more than 1700 species (as indicated by Barcode Index Numbers and 2% MOTU). We briefly discuss the importance of this DNA data set and its collateral information for future research in: (1) discovery of cryptic species and description of new taxa; (2) estimating species numbers in biodiversity inventories; (3) clarification of generic boundaries; (4) biological control programmes; (5) molecular studies of host-parasitoid biology and ecology; (6) evaluation of shifts in species distribution and phenology; and (7) fostering collaboration at national, regional and world levels. The integration of DNA barcoding with traditional morphology-based taxonomy, host records, and other data has substantially improved the accuracy of microgastrine wasp identifications and will significantly accelerate further studies on this group of parasitoids.


4.
Tesis - Maestría
Identificación de Lepidópteros (Clase insecta) de la Península de Yucatán, mediante técnicas moleculares / Blanca Rosa Prado Cuéllar
Prado Cuéllar, Blanca Rosa ; Pozo, Carmen (tutora) ; Valdéz Moreno, Martha (asesora) ; Hebert, Paul D. N. (asesor) ;
Chetumal, Quintana Roo, México : El Colegio de la Frontera Sur , 2012
Clasificación: TE/595.78097265 / P7
Cerrar
SIBE Campeche
ECO040004658 (Disponible)
Disponibles para prestamo: 1
Cerrar
SIBE Chetumal
ECO030007525 (Disponible)
Disponibles para prestamo: 1
Cerrar
SIBE San Cristóbal
ECO010006517 (Disponible)
Disponibles para prestamo: 1
Cerrar
SIBE Tapachula
ECO020012568 (Disponible)
Disponibles para prestamo: 1
Cerrar
SIBE Villahermosa
ECO050005007 (Disponible)
Disponibles para prestamo: 1
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Índice | Resumen en: Español |
Resumen en español

Los lepidópteros (mariposas y palomillas) son insectos holometábolos; cuando son larvas se alimentan de plantas y en la etapa adulta principalmente de néctar. Su sensibilidad a los cambios ambientales y su relativa fácil identificación en estado adulto, han hecho que se utilicen como especies indicadoras. No obstante, identificarlas como larvas es complicado porque las estructuras para discriminar entre especies no son evidentes y no existen claves de identificación a nivel de especie. Por este motivo se decidió aplicar las herramientas moleculares (los códigos de barras para la vida) en la identificación de especies de larvas de Lepidoptera de la Península de Yucatán. Se secuenciaron larvas y adultos de la colección de El Colegio de la Frontera Sur (ECOSUR), Unidad Chetumal. Además, se inició la colección de referencia de las especies de palomillas de la Península con la finalidad de elevar el éxito de identificación de las larvas. En total se obtuvo la secuencia de 6,728 ejemplares de Lepidoptera, de los cuales 4,692 son adultos, 2,014 larvas, 18 pupas, tres huevos y una prepupa. Se determinaron 1,489 especies, corroborándose 595 y registrándose 894 más. Se analizó a detalle la familia Nymphalidae, encontrándose cuatro registros nuevos para la colección que habían pasado desapercibidas, Adelpha malea, Adelpha iphiclus, Hamadryas iphtime y Taygetis laches, siendo el registro de esta última la confirmación de su presencia en México. Se reporta por primera vez la larva de la especie Hamadryas julitta y su planta hospedera Dalechampia schotti, ambas endémicas para la Península de Yucatán. Así mismo, existen nueve casos de posibles especies crípticas en espera de caracterización completa para definir su estatus.

Índice

1. Introducción
2. Resultados
2.1. Adultos
2.2. Larvas
3. Artículo
4. Discusión
4.1. El caso de Nymphalidae
4.2. Identificación de larvas
4.3. Comentarios finales
5. Conclusiones
6. Literatura citada


5.
Artículo
Beyond the colours: discovering hidden diversity in the Nymphalidae of the Yucatan Peninsula in Mexico through DNA barcoding
Prado Cuéllar, Blanca Rosa ; Pozo, Carmen (coaut.) ; Valdéz Moreno, Martha (coaut.) ; Hebert, Paul D. N. (coaut.) ;
Contenido en: PLOS ONE Vol. 6, no. 11, e27776 (November 2011), p. 1-11 ISSN: 1932-6203
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Background: Recent studies have demonstrated the utility of DNA barcoding in the discovery of overlooked species and in the connection of immature and adult stages. In this study, we use DNA barcoding to examine diversity patterns in 121 species of Nymphalidae from the Yucatan Peninsula in Mexico. Our results suggest the presence of cryptic species in 8 of these 121 taxa. As well, the reference database derived from the analysis of adult specimens allowed the identification of nymphalid caterpillars providing new details on host plant use. Methodology/Principal Findings: We gathered DNA barcode sequences from 857 adult Nymphalidae representing 121 different species. This total includes four species (Adelpha iphiclus, Adelpha malea, Hamadryas iphtime and Taygetis laches) that were initially overlooked because of their close morphological similarity to other species. The barcode results showed that each of the 121 species possessed a diagnostic array of barcode sequences. In addition, there was evidence of cryptic taxa; seven species included two barcode clusters showing more than 2% sequence divergence while one species included three clusters. All 71 nymphalid caterpillars were identified to a species level by their sequence congruence to adult sequences. These caterpillars represented 16 species, and included Hamadryas julitta, an endemic species from the Yucatan Peninsula whose larval stages and host plant (Dalechampia schottii, also endemic to the Yucatan Peninsula) were previously unknown.

Conclusions/Significance: This investigation has revealed overlooked species in a well-studied museum collection of nymphalid butterflies and suggests that there is a substantial incidence of cryptic species that await full characterization. The utility of barcoding in the rapid identification of caterpillars also promises to accelerate the assembly of information on life histories, a particularly important advance for hyperdiverse tropical insect assemblages.


6.
Artículo
*Solicítelo con su bibliotecario/a
DNA barcodes for Cladocera and Copepoda from Mexico and Guatemala, highlights and new discoveries
Elías Gutiérrez, Manuel ; Martínez Jerónimo, Fernando (coaut.) ; Ivanova, Natalia V. (coaut.) ; Valdéz Moreno, Martha (coaut.) ; Hebert, Paul D. N. (coaut.) ;
Contenido en: Zootaxa No. 1839 (2008), p. 1–42 ISSN: 1175-5326
Nota: Solicítelo con su bibliotecario/a
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Resumen en inglés

DNA barcoding, based on sequence diversity in the mitochondrial COI gene, has proven an excellent tool for identifying species in many animal groups. Here, we report the first barcode studies for freshwater zooplankton from Mexico and Guatemala and discuss the taxonomic and biological implications of this work. Our studies examined 61 species of Cladocera and 21 of Copepoda, about 40% of the known fauna in this region. Sequence divergences among conspecific individuals of cladocerans and copepods averaged 0.82% and 0.79%, respectively, while sequence divergences among congeneric taxa were on average 15-20 times as high. Barcodes were successful in discriminating all species in our study, but sequences for Mexican Daphnia exilis overlapped with those of D. spinulata from Argentina. Our barcode data revealed evidence of many species overlooked by current classification systems —for example, based on COI genotypes the Diapahanosoma birgei group appears to include 5 species, while Ceriodaphnia cf. rigaudi, Moina cf. micrura, Mastigodiaptomus albuquerquensis and Mastigodiaptomus reidae all include 2–3 taxa. The barcode results support recent taxonomic revisions, such as recognition of the genus Leberis, and the presence of several species in the D. birgei and Chydorus sphaericus complexes. The present results indicate that DNA barcoding will provide powerful new insights into both the incidence of cryptic species and a better understanding of zooplankton distributions, aiding evaluation of the factors influencing competitive outcomes, and the colonization of aquatic environments.