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1.
Tesis - Maestría
Caracterización molecular y conectividad del mangle rojo (Rhizophora mangle) en el Sur de Quintana Roo, México / Landy Rubí Chablé Iuit
Chablé Iuit, Landy Rubí ; Machkour M'Rabet, Salima (directora) ; Espinoza Ávalos, Julio (asesor) ; Hernández Arana, Héctor Abuid (asesor) ;
Chetumal, Quintana Roo, México : El Colegio de la Frontera Sur , 2018
Clasificación: TE/583.763097267 / C4
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Resumen en español

Los manglares son ecosistemas que poseen una gran importancia tanto ecológica como económica. Debido a perturbaciones como el incremento de la población, de actividades antropogénicas a escasa distancia de los bosques de manglar, la contaminación, y el cambio climático, se ha reducido la cobertura de manglar a lo largo del mundo. Dada la importancia de este ecosistema, las amenazas a las que está sujeto y la existencia de pocos estudios genéticos en nuestro país dirigidos a la especie Rhizophora mangle, realizamos este estudio en poblaciones establecidas en cuatro grandes zonas (Bahía de Chetumal, Río Hondo, Costa del Caribe Mexicano y Laguna de Bacalar) distribuidas en el sistema hidrológico denominado Corredor Transversal Costero ubicado en el sur del estado de Quintana Roo, utilizando los Inter Secuencias Simples Repetidas (ISSR) como marcador molecular. Los resultados mostraron una clara estructura genética en la comunidad de R. mangle y la separación de los individuos que la integran en dos grupos principales: el grupo la Bahía de Chetumal y el grupo de la Costa del Caribe Mexicano, esto como reflejo de procesos históricos como el aumento en el nivel del mar. También se identificó una estructura genética a escala fina (EGEF) lo que podría estar relacionado con factores intrínsecos (e. g., dificultades en la dispersión de propágulos) y factores extrínsecos (e.g., fragmentación del hábitat). Por otro lado, la diversidad genética a nivel local y a nivel especie fue elevada lo que podría estar reflejado en la alta capacidad de adaptación de la especie a ambientes poco favorables. Finalmente, se analizaron las tipologías chaparra y de franja, llegando a la conclusión de que se trata de la misma especie y que podrían formar linajes locales como respuesta adaptativa ecológica y fisiológica al microambiente

Índice

Resumen
Capítulo 1
Introducción General
Capítulo 2 Artículo
Resumen
Palabras claves
Introducción
Material y métodos
Resultados
Discusión
Agradecimientos
Literatura citada
Capítulo 3
Conclusión General
Capítulo 4
Literatura citada
Anexos Comprobante de artículo sometido a revista arbitrada


2.
- Artículo de divulgación
*En hemeroteca, SIBE-Campeche, SIBE-Chetumal, SIBE-San Cristóbal, SIBE-Tapachula, SIBE-Villahermosa
¿De qué pescado es el filete?
Sarmiento Camacho, Stephanie ; Valdéz Moreno, Martha (coaut.) ;
Contenido en: ECOfronteras Vol. 21, no. 59 (enero-abril 2017), p. 15-16 ISSN: 2007-4549
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Nota: En hemeroteca, SIBE-Campeche, SIBE-Chetumal, SIBE-San Cristóbal, SIBE-Tapachula, SIBE-Villahermosa
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Resumen en: Español |
Resumen en español

Las necesidades alimenticias van en aumento y la presión ejercida a las pesquerías para cumplir con la producción solicitada está provocando sobrepesca y la disminución de poblaciones de peces. Sin embargo regular y monitorear la captura y venta de especies procesadas como filetes ya es posible con la aplicación de técnicas de identificación como el Código de Barras.


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Resumen en español

En el presente trabajo se realizó un monitoreo en familias de jornaleros expuestos a Compuestos Orgánicos Persistentes (COPs) en las comunidades de Cárdenas, Huixtla y Chetumal, utilizando biomarcadores de exposición a COPs en sangre mediante cromatografía de gases acoplado a un espectrómetro de masas (GC/MS), así como la aplicación del biomarcador de genotoxicidad conocido como “ensayo cometa” , para la evaluación del daño al ácido desoxirribonucleico (ADN) en células mononucleares de sangre periférica (PBMC). Los resultados indicaron que la comunidad de Chetumal presentó los mayores niveles de mezcla de COPs al igual que los mayores niveles de daño al ADN en los jornaleros de la caña de azúcar con una diferencia estadística significativa (P < 0.05), comparado con las comunidades Control, Cárdenas y Huixtla. Asimismo, se encontró que el (1,1-Dicloro-2,2-bis (4- clorofenil) etileno) DDE principal metabolito del DDT (1, 1,1-tricloro-2,2-bis (4-clorofenil) etano) fue el compuesto con mayor influencia sobre la fragmentación de la molecular del ADN presentando una correlación estadística significativa (P = 0.001, r2 = 0.6146).

Índice

Capítulo 1. Introducción
Capítulo 2. Revisión bibliográfica
2.1 Los contaminantes orgánicos persistentes
2.1.1 Clasificación
2.1.2 Efectos en organismos
2.1.3 Mecanismos de acción tóxica de los COPs sobre el ADN
2.1.4 Plan Nacional de Implementación del Convenio de Estocolmo en México
2.1.5 Los COPs en México
2.1.6 Biomarcadores
Capitulo 3. Justificación
3.1 Problema de investigación
Capitulo 4 Objetivos
4.1 Objetivo General
4.2 Objetivos específicos
Capítulo 5. Metodología
5.1 Selección de los sitios
5.2 Procedimiento para la obtención de información
5.3 Recolección de muestras
5.4 Procedimiento para el análisis de los datos
5.4.1 Ensayo cometa
5.4.2 Cuantificación de metabolitos
5.5 Análisis estadístico
5.6 Aspectos éticos de la investigación
Capítulo 6. Resultados
6.1 Evaluación de daño al ADN por comunidad
6.2 Evaluación de la exposición a COPs
6.2.1 COPs no detectados en sangre
6.2.2 COPs encontrados en sangre
6.2.3 α-HCH; β-HCH; y, γ-HCH
6.2.4 ΣDDTs
6.2.5 PCBs
6.3 Factores sociodemográficos y su relación con los niveles de COPs y daño al ADN
6.3.1 El lugar de residencia y su relación con los niveles de COPs y daño al ADN
6.3.2 El sexo y su relación con los niveles de COPs y Daño al ADN
3.3.3 La edad y su relación con los niveles de COPs y el Daño al ADN
3.3.4 La ocupación y su relación con los niveles de COPs y el Daño al ADN
3.3.5 La aplicación de plaguicidas y su relación con los niveles de COPs y el Daño al ADN
3.3.6 El consumo de tabaco y su relación con los niveles de COPs y el Daño al ADN
3.3.7 El consumo de alcohol y su relación con los niveles de COPs y el Daño al ADN
6.4 Relación del Daño al ADN con los niveles de la mezcla de COPs
6.4.1 Relación del Daño al ADN con los niveles de ΣHCHs-ΣPCBs y ΣDDTs

6.4.2 Relación del Daño al ADN con los niveles de ΣDDTs, DDT y DDE
Capítulo 7. Discusión
7.1 Daño al ADN por comunidad
7.2 Niveles de ΣCOPs
7.2.1 Niveles de ΣHCHs
7.2.2 Niveles de ΣDDTs
7.2.3 Niveles de PCBs en sangre
7.3 Factores sociodemográficos y su relación con el daño al ADN y los niveles de COPs
7.4 Relación del daño al ADN y los niveles de ΣCOPs (HCHs, DDTs, y PCBs)
7.4.1 Relación del Daño al ADN con los niveles de ΣHCHs-ΣPCBs y ΣDDTs
7.4.2 Relación del Daño al ADN con los niveles de ΣDDTs, DDT y DDE
Capítulo 8. Conclusiones
Capítulo 9. Perspectivas de investigación
Capítulo 10. Literatura Citada
Capítulo 11. Anexos


4.
Tesis - Maestría
Caracterización genética del pez león en el Caribe noroccidental usando inter secuencias simples repetidas / Elizabeth Labastida Estrada
Labastida Estrada, Elizabeth ; Machkour M'Rabet, Salima (tutora) ; Schmitter Soto, Juan Jacobo (asesor) ; García Rivas, María del Carmen (asesora) ;
Chetumal, Quintana Roo, México : El Colegio de la Frontera Sur , 2014
Clasificación: TE/597.68097267 / L3
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Resumen en español

La invasión del pez león, aunada a las presiones que enfrentan los arrecifes coralinos en la región del Caribe, es una preocupación para la conservación de estos ecosistemas. La genética de poblaciones permite establecer los procesos genéticos implicados en el éxito de este potente invasor. El objetivo de este trabajo fue caracterizar la diversidad genética y estructura poblacional en seis localidades en el Caribe noroccidental (Banco Chinchorro, Puerto Morelos e Xcalak en México, Turneffe en Belice, Guanahacabibes en Cuba, y La Parguera en Puerto Rico) usando Inter Secuencias Simples Repetidas. Nuestros resultados sugieren la existencia de una sola población a lo largo del Caribe noroccidental, la cual se caracteriza por bajos niveles de diversidad genética consecuencia de un efecto fundador. Se observó también un déficit de heterócigos en todas las localidades, explicable por endogamia o por efecto Wahlund. Por otro lado, se encontró una ligera pero significativa estructuración geográfica, la cual se explica por el mecanismo de dispersión larval de P. volitans y por los patrones de las corrientes en la región. La corriente del Caribe permite la conectividad biológica entre Puerto Rico y Puerto Morelos, mientras que la corriente de Yucatán explica la dispersión de larvas provenientes de Banco Chinchorro e Xcalak hasta Cuba, así como el retorno de las larvas al Caribe mexicano. La fractura de la conectividad genética entre Belice y el norte del Arrecife Mesoamericano, permite explicar la diferenciación de los organismos de Belice.

Índice

Capítulo 1. Introducción
Capítulo 2. The use of ISSR markers for species determination and genetic study of the invasive lionfish in Guanahacabibes, Cuba
Abstract
Resumen
Introduction
Material and methods
Results
Discussion
References
Tables and figures
Capítulo 3. Diversidad genética y estructura poblacional del pez león (pterois volitans) en el Caribe noroccidental, mediante inter secuencias simples repetidas (ISSR)
Resumen
Introducción
Materiales y métodos
Área de estudio
Recolecta de muestras
Extracción de DNA
Amplificación por PCR
Análisis de datos moleculares
Resultados
Diversidad genética
Estructura genética de la localidad
Discusión
Diversidad genética de p. volitans en la región del Caribe noroccidental
Estructura poblacional de p. volitans en el Caribe noroccidental
Literatura citada
Capítulo 4. Conclusiones generales
Literatura adicional


5.
Libro
Crop breeding: methods and protocols / edited by Delphine Fleury and Ryan Whitford
Fleury, Delphine (ed.) ; Whitford, Ryan (coed.) ;
New York, New York, United States : Springer Science+Business Media , c2014
Clasificación: 631.53 / C7
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Resumen en: Inglés |
Resumen en inglés

The recent advent of molecular technologies has changed the way plant breeders identify and select their germplasm as genetic variation can now be assessed at the DNA level. Crop Breeding: Methods and Protocols presents detailed guidelines and tutorials that suit different needs and capacity from small laboratories analyzing molecular markers on a one-by-one basis to the increasingly popular high-throughput protocols for high capacity laboratories. Topics covered include breeding strategy for the selection of an ideal variety or genetic ideo type, protocols for breeders using molecular markers in selection programs and for laboratories providing molecular services to breeding programs, statistical programs and software to aid implementation of molecular data into breeding programs and methodologies that facilitate the generation of genetic diversity and its characterization. Written in the successful Methods in Molecular Biology series format, chapters include introductions to their respective topics, lists of the necessary materials and reagents, step-by-step, readily reproducible protocols and notes on troubleshooting and avoiding known pitfalls.


6.
Tesis - Maestría
Optimización de marcadores moleculares ISSR en el caracol rosado Strombus gigas / Jorge Cruz Medina
Cruz Medina, Jorge ; Machkour M'Rabet, Salima (tutora) ; De Jesús Navarrete, Alberto (asesor) ; García de León, Francisco Javier (asesor) ;
Chetumal, Quintana Roo, México : El Colegio de la Frontera Sur , 2014
Clasificación: TE/639.483097267 / C7
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Resumen en español

El caracol rosado Strombus gigas es un gasterópodo marino de importancia económica y ecológica en el Caribe. Durante las últimas décadas este molusco ha padecido una intensa presión por sobreexplotación, pérdida de hábitat y contaminación, provocando un serio declive en el recurso. A pesar de las diferentes regulaciones de pesca implementadas y de esfuerzos en investigación con fines de restauración, actualmente S. gigas es considerada a nivel mundial como especie comercialmente amenazada. El manejo y conservación del caracol rosado pueden ser mejorados a partir del conocimiento de aspectos genéticos de la especie. Una consideración importante para el desarrollo de estudios genéticos en moluscos es que los tejidos fuente de ADN contienen altas cantidades de componentes que afectan negativamente la amplificación de ADN. Los objetivos de este trabajo fueron identificar una vía adecuada para resolver los problemas de inhibición de la PCR y adaptar una herramienta molecular sencilla y de alta resolución en S. gigas, ambos enfocados al desarrollo de análisis genéticos de individuos y poblaciones. Para ello, se emplearon muestras de cuatro diferentes localidades del Caribe Mexicano y se evaluó el desempeño de: a) tres protocolos de extracción de ADN, b) dos estrategias adicionales para superar problemas de inhibición en la PCR, y c) 23 marcadores ISSR. Se identificó el empleo de un método de extracción por sales, con la adicional purificación de ADN mediante columnas de afinidad, como una ruta adecuada para asegurar la obtención de ADN funcional de caracol rosado.

Se observó un patrón de inhibición de la PCR en función de la localidad de procedencia de las muestras; posibles explicaciones son propuestas. Se confirma la aplicabilidad de la técnica ISSR obteniendo 11 marcadores funcionales para S. gigas, lo que representa una herramienta valiosa para estudios futuros que requieran información genética robusta y enfoques moleculares rentables.

Índice

Agradecimientos
Resumen y palabras clave
Introducción
Manuscrito sometido: PCR-inhibitors and adaptation of ISSR molecular markers in queen conch Strombus gigas: tools for the study of population genetics
Abstract
Introduction
Methods
Results
Discussion
Acknowledgements
References
Figure Captions
Tables
Conclusiones
Literatura citada
Anexos


7.
Libro
Barcoding nature: shifting cultures of taxonomy in an age of biodiversity loss / Claire Waterton, Rebecca Ellis and Brian Wynne
Waterton, Claire ; Ellis, Rebecca (coaut.) ; Wynne, Brian (coaut.) (1947-) ;
Milton Park, Abingdon, Oxon : Routledge , 2013
Clasificación: 578.012 / W3
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Resumen en inglés

DNA Barcoding has been promoted since 2003 as a new, fast, digital genomics-based means of identifying natural species based on the idea that a small standard fragment of any organism’s genome (a so-called ‘micro-genome’) can faithfully identify and help to classify every species on the planet. The fear that species are becoming extinct before they have ever been known fuels barcoders, and the speed, scope, economy and ‘user-friendliness’ claimed for DNA barcoding, as part of the larger ferment around the ‘genomics revolution’, has also encouraged promises that it could inspire humanity to reverse its biodiversity-destructive habits. This book is based on six years of ethnographic research on changing practices in the identification and classification of natural species. Informed both by Science and Technology Studies (STS) and the anthropology of science, the authors analyse DNA barcoding in the context of a sense of crisis – concerning global biodiversity loss, but also the felt inadequacy of taxonomic science to address such loss. The authors chart the specific changes that this innovation is propelling in the collecting, organizing, analyzing, and archiving of biological specimens and biodiversity data. As they do so they highlight the many questions, ambiguities and contradictions that accompany the quest to create a genomics-based environmental technoscience dedicated to biodiversity protection. They ask what it might mean to recognise ambiguity, contradiction, and excess more publicly as a constitutive part of this and other genomic technosciences. Barcoding Nature will be of interest to students and scholars of sociology of science, science and technology studies, politics of the environment, genomics and post-genomics, philosophy and history of biology, and the anthropology of science.

Índice

List of figures
Acknowledgments
1. Introduction
2. DNA Barcoding: Revolution or Conciliation?
3. What’s In a Barcode? The Use, Selection and De-Naturalisation of Genetic Markers
4. A Leg Away for DNA: Mobilizing, Compiling and Purifying Material for DNA Barcoding
5. Extending the Barcoding Frontier
6. Archiving Diversity: BOLD
7. BOLI as Redemptive Technoscientific Innovation
8. What Is It? Identifying Nature and Valuing Utility
9. Barcoding Nature: Final Reflections
Notes
Bibliography
Index


8.
Libro
Genetic mapping and marker assisted selection: basics, practice and benefits / N. Manikanda Boopathi
Boopathi, N. Manikanda ;
New York : Springer , c2013
Clasificación: 581.15 / B6
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Resumen en español

Accelerated Methods of Gene Pyramiding.. Marker-Assisted Recurrent Selection (MARS).. Advanced Backcross (AB)-QTL Analysis.. Mapping-As-You-Go (MAYG).. Application of Markers in Germplasm Storage, Evaluation and Use.. Resources for MAS on the Web.. Bibliography.. Literature Cited.. Further Readings.. 9 Success Stories in MAS.. Tomato.. Maize.. Wheat.. Rice.. Barley.. Soybean.. Varieties Released Through MAS.. Hybrids Developed Through MAS.. MAS in Multinational Companies.. Contrasting Stories.. Conclusions and Future Prospects.. Bibliography.. Literature Cited.. Further Readings.. 10 Curtain Raiser to Novel MAS Platforms.. Current Techniques in Molecular, Biochemical and Physiological Studies and Its Integration into MAS.. Molecular Techniques.. Expression Profiling.. cDNA Library Construction.. Differential Display and Representational Difference Analysis.. Subtractive Hybridisation.. Microarray.. Types of DNA Chips and Their Production.. Hybridisation and Detection Methods.. 1. DNA Sequencing by Hybridisation.. 2. Single Nucleotide Polymorphisms and Point Mutations.. 3. Functional Genomics.. 4. Reverse Genetics.. 5. Diagnostics and Genetic Mapping.. 6. Genomic Mismatch Scanning.. 7. DNA Chips and Agriculture.. 8. Proteomics.. 9. Nucleic Acid Sequencing.. Second-Generation DNA Sequencing.. 454 Pyrosequencing.. Illumina Genome Analyser.. AB SOLiD.. Microchip-Based Electrophoretic Sequencing.. Sequencing by Hybridisation.. Sequencing in Real Time.. Targeted Capture of Genomic Subsets.. Handling and Storage of Sequence Information.. Predicting Function from Sequence.. Homology Searches.. Other Sequence Comparisons Strategies.. Serial Analysis of Gene Expression (SAGE).. cDNA-AFLP.. RFLP-Coupled Domain-Directed Differential Display (RC4D).. Gene Tagging by Insertional Mutagenesis.. T-DNA Tag.. Transposon Tags.. Post-transcriptional Gene Silencing.. MicroRNAs.. Biochemical Techniques.. Plant Proteomics

Resumen en inglés

Genetic mapping and marker assisted selection (MAS) is considered as one of the major tools in genetic improvement of crop plants in this genomics era. This book describes basics in linkage mapping, step-by-step procedure to perform MAS, achievements made so far in different crops, and limitations and prospects of MAS in plant breeding. It summarizes all this in a simple but comprehensive mode using suitable examples so as to explain the concept and its historical developments. To summarize, this book describes technologies for identification of genes of interest through genetic mapping, recaps the major applications of MAS to plant breeding; lists examples in which MAS is being applied to various breeding programs, and emphasizes the various difficulties that limit the application of MAS in plant breeding, providing possible solutions to overcome these difficulties, and finally tries to illustrate the future prospects. This book would be a valuable guide to the under-graduates and post-graduates of agricultural universities and institutes that are interested and/or involved in genetic improvement of crop plants using modern tools. Bibliography listed in this book constitutes two parts: literature cited and further reading. Literature cited contains references cited in the text and further information on the given concept/technique can be obtained from these references. Further reading provides a list of suggested readings for in-depth coverage of the topics.

Índice

1 Germplasm Characterisation: Utilising the Underexploited Resources
Phenotyping for Morphological and Agronomic Characters
Case Study in Rice Germplasm Characterisation for Drought Resistance
Traits Useful for Characterisation
Allele Mining
Genetic Diversity and Clustering
Software
Principle Behind the Genetic Diversity Analysis
Principle of Measuring Goodness of Fit of a Classification
Genetic Diversity Analysis Using Molecular Markers
Parental Selection
Bibliography
Literature Cited
Further Readings
2 Mapping Population Development
Mapping Population and Its Importance in Genetic Mapping
Selfing and Crossing Techniques in Crop Plants
F2 Progenies
F2 -Derived F3 (F2:3 ) Populations
F2 Intermating Populations or Immortalised F2 Populations
DH Lines
BC Progenies
RILs
NILs, Exotic Libraries and Advanced Backcross Populations
Four-Way Cross Populations
Multi-Cross Populations
Nested Association Mapping Populations
Natural Populations
Chromosome-Specific Genetic Stocks for Linkage Mapping
Bulk Segregant Analysis
Combining Markers and Populations
Characterisation of Mapping Populations
Choice of Mapping Populations
Challenges in Mapping Population Development and Solutions to These Challenges
Bibliography
Literature Cited
Further Readings
3 Genotyping of Mapping Population
Markers and Its Importance
Morphological Markers
Biochemical Markers or Isozymes
Principle
Electrophoresis
Chromatography
Gel Filtration
Immunochemistry
Catalysis
Genome Structure and Organisation
Chromosome Structure
Mitochondrial DNA
Chloroplast DNA
Molecular Markers
Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP)
PCR-Based Techniques
Arbitrarily Primed PCR-Based Markers
Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD)
Arbitrarily Primed Polymerase Chain Reaction (AP-PCR) and DNA Amplification Fingerprinting (DAF)

Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP)
Sequence-Specific PCR-Based Markers
Microsatellite-Based Marker Technique
Inter-Simple Sequence Repeats (ISSR)
Single-Nucleotide Polymorphism (SNPs)
Single-Feature Polymorphism (SFP)
Sequence-Characterised Amplified Regions (SCAR)
Cleaved Amplified Polymorphic Sequences (CAPS)
Randomly Amplified Microsatellite
Polymorphisms (RAMP)
Sequence-Related Amplified Polymorphism (SRAP)
Target Region Amplification Polymorphism (TRAP)
Single-Strand Conformation Polymorphism (SSCP)
Transposable Elements (TE)-Based Molecular Markers
Retrotransposon-Based Molecular Markers
Diversity Array Technology (DArT)
Intron-Targeted Intron-Exon Splice Conjunction (IT-ISJ) Marker
Restriction Site Associated DNA (RAD) Markers
RNA-Based Molecular Markers
cDNA-AFLP
RNA Fingerprinting by Arbitrarily Primed PCR (RAP-PCR)
cDNA-SSCP
Role of Genomics
Selection of Marker Technology
Research Problem
The Number of Loci and/or Alleles
Discrimination Level
Mode of Inheritance
Quality of DNA
Expertise Required
Costs
Speed
Reproducibility
PCR Versus Non-PCR Techniques
Marker Genotyping and Scoring
Analysing the Genotype Score: Chi-Square Test
c 2 Test to Analyse the Segregation Ratio Using the Program ANTMAP
Bibliography
Literature Cited
Further Readings
4 Linkage Map Construction
Basics of Genetic/Linkage Mapping: Mendelian Ratios, Meiosis, Crossing Over and Partial Linkage
Mapping Functions
Mapping of Genetic Markers: Practical Considerations
Testing for Linkage: LOD Scores
Grouping, Ordering and Spacing
Sources of Error
Chromosomal Assignment
Allopolyploidy and Autopolyploidy
Bridging Linkage Maps to Develop Unified
Linkage Maps
Bibliography
Literature Cited
Further Readings
5 Phenotyping
Phenotyping Versus QTL Mapping
Need for Precise Phenotyping
Phenotyping for Biotic Stress
Phenotyping for Abiotic Stress
Heritability of Phenotypes

Statistical Analysis of Phenotypic Data: Simple Statistics, Heritability Estimation and Correlation
Bibliography
Literature Cited
Further Readings
6 QTL Identification
QTL: A Prelude
Single-Marker Analysis (SMA)
Interval Mapping
Multiple QTL and Methods to Detect Multiple QTL
Composite Interval Mapping
Multiple Trait Mapping
Testing for Linked QTL Versus Pleiotropic QTL
Multiple Interval Mapping (MIM) or Multiple QTL Mapping
Statistical Signi fi cance
Permutation Testing
Bootstrapping
Permutation Versus Bootstrapping and Other Methods
QTL × QTL Interaction: Impact of Epistasis
QTL × Environment Interaction
Congruence of QTL: Across the Environments and Across the Genetic Backgrounds Is the Key in MAS
Meta-QTL Analysis
Concluding Remarks on QTL Methods
Alternatives in Classical QTL Mapping
Bulked Segregant Analysis and Selective Genotyping
Genomics-Assisted Breeding
Array Mapping
Association Mapping
Nested Association Mapping
EcoTILLING
Challenges in QTL Mapping
Confronts with Mapping Populations
Markers and Its Implications
Segregation Distortion
Phenotyping
Statistical Issues
Practical Utility
Bibliography
Literature Cited
Further Readings
7 Fine Mapping
Need for Fine Mapping or High-Resolution Mapping
Types of Molecular Markers Suitable for Fine Mapping
Physical Mapping and Its Role in Fine Mapping
Comparative Mapping
Genetical Genomics/eQTL Mapping
Map-Based Cloning
Validation of QTLs
Testing the Markers in Related Germplasm Accessions
Bibliography
Literature Cited
Further Readings
8 Marker-Assisted Selection
Advantages of MAS
Limitations in MAS
Prerequisites for an Efficient Marker-Assisted
Selection Program
Procedure for a Generalised MAS Program for Selection from Breeding Lines/Populations
Marker-Assisted Backcross Breeding
Gene Pyramiding or Stacking

Why Proteomics?
Types of Proteomics
Protein Expression Proteomics
Structural Proteomics
Functional Proteomics
Protein Analysis
One- and Two-Dimensional Gel Electrophoresis
Alternatives to Electrophoresis in Proteomics
Acquisition of Protein Structure Information
Edman Sequencing
Mass Spectrometry
Types of Mass Spectrometers
Peptide Fragmentation
De Novo Peptide Sequence Information
Uninterpreted MS/MS Data Searching
Proteomics Approach to Protein Phosphorylation
Phosphoprotein Enrichment
Phosphorylation Site Determination by Edman Degradation
Phosphorylation Site Determination by Mass Spectrometry
Metabolite Profiling Technologies
Physiological Techniques
Near-Infrared (NIR) Spectroscopy
Canopy Spectral Reflectance (SR) and Infrared Thermography (IRT)
Estimation of Compatible Solutes
Genomics-Assisted Breeding
Functional Markers
Comparative Genomics
Identification of Novel Molecular Networks and Construction of New Metabolic Pathway
Bioinformatics for MAS
Bibliography
Literature Cited
Further Readings
11 Recent Advances in MAS in Major Crops
Rice
Rice and Drought
Mechanisms of Drought Resistance in Rice
Phenology
Root System
Osmotic Adjustment
Dehydration Tolerance
Shoot-Related Drought-Resistance Traits
Genetic Linkage Map in Rice
QTL Mapping of Drought-Resistance
Traits in Rice
Rice Subspecies and Habitat
Marker-Aided Selection and Near-Isogenic Lines for Drought-Resistance Improvement
Target Population of Environment and Molecular Breeding
Concluding Remarks on MAS in Rice for Water-Limited Environments
Cotton
Status of Cotton Molecular Marker Technology
Molecular Markers and Polymorphism in Cotton
Simple Sequence Repeats (SSRs) in Cotton
Cotton Linkage Maps
QTL Mapping for Yield and Fibre Quality
Traits in Cotton
Specific Challenges in Cotton MAS
Confronts with Mapping Population
QTL × Environme

QTL × Environment Analysis
Incongruence Among QTL Studies
Complexities in Integration of Functional
Genomics with QTL
Alternatives and Future Perspectives
Meta-analysis of QTL: Synergy Through Networks
Map-Based Cloning
Cotton Genome Sequencing
Advances in Functional Genomics
System Quantitative Genetics: Bridging Subdisciplines
Association Mapping and Alternatives
Improved Databases
Concluding Remarks for MAS in Cotton
Mungbean
Genetic Diversity and Linkage Mapping in Mungbean
QTL Mapping in Mungbean
Legume Comparative Genomics and Its Importance in Mungbean MAS
Concluding Remarks for MAS in Mungbean
Tomato
Conventional Breeding and Tomato Improvement
Biotechnology and Tomato Breeding
MAS for Bacterial Spot Resistance
MAS for Tomato Yellow Leaf Curl Virus Resistance
MAS for Other Economic Traits
MAS for Genetic Improvement of Fruit Quality Traits
Fine Mapping and Characterisation of Fruit-Size QTL
Concluding Remarks for MAS in Tomato
Hot Pepper
Progress in MAS in Hot Pepper
Concluding Remarks on MAS in Hot Pepper
Bibliography
Literature Cited
Further Reading
12 Future Perspectives in MAS
MAS in Orphan Crops
MAS in Developing Countries
Community Efforts in Developing Countries and Their Implications in MAS
Field and Laboratory Infrastructure Improvement
Lessons Learnt and Concluding Remarks
Bibliography
Literature Cited
Further Readings
About the Author


9.
Libro
Avances y perspectivas en ecología y biotecnología: memorias de los seminarios académicos 2006 / Maurilio López Ortega, coordinador
López Ortega, Maurilio (coord.) ;
Xalapa, Veracruz, México : Universidad Veracruzana. Laboratorio de Biotecnología y Ecología Aplicada. Dirección General de Investigaciones , 2008
Clasificación: 620.80972 / A8
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57676-10 (Disponible)
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10.
Libro
Molecular markers, natural history and evolution / John C. Avise
Avise, John C. ;
Sunderland, Massachusetts : Sinauer Associates , 2004
Clasificación: 574.87328 / A9/2004
Bibliotecas: Tapachula
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ECO020008135 (Disponible)
Disponibles para prestamo: 1