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1.
Artículo
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Tracing back the origin of pumpkins (Cucurbita pepo ssp. pepo L.) in Mexico
Castellanos Morales, Gabriela (autora) ; Ruiz Mondragón, Karen Y. (autora) ; Hernández Rosales, Helena S. (autora) ; Sánchez de la Vega, Guillermo (autor) ; Gámez Tamariz, Niza (autora) ; Aguirre Planter, Erika (autora) ; Montes Hernández, Salvador (autor) ; Lira Saade, Rafael (autor) ; Eguiarte Fruns, Luis Enrique (autor) ;
Disponible en línea
Contenido en: Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences Volumen 286, número 1908 (July 2019), p. 1-9 ISSN: 1471-2954
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Resumen en inglés

Cucurbita pepois an economically important crop, which consists of cultivated C. pepo ssp. pepo, and two wild taxa (C. pepo ssp. fraterna and C. pepo ssp. ovifera). We aimed at understanding the domestication and thediversity of C. pepo in Mexico. We used two chloroplast regions and nine nuclear microsatellite loci to assess the levels of genetic variation and structure for C. pepo ssp. pepo’s landraces sampled in 13 locations in Mexico, five improved varieties, one C. pepo ssp. fraterna population and ornamental C. pepo ssp. ovifera. We tested four hypotheses regarding the origin of C. pepo ssp. pepo’s ancestor through approximate Bayesian computation: C. pepo ssp. ovifera as the ancestor; C. pepo ssp. fraternaas the ancestor; an unknown extinct lineage as the ancestor; and C. pepo ssp. pepo as hybrid from C. pepo ssp. ovifera and C. pepo ssp. fraterna ancestors. Cucurbita pepo ssp. pepo showed high genetic variation and low genetic differentiation. Cucurbita pepo ssp. fraterna and C. pepo ssp. pepo shared two chloroplast haplotypes. The three subspecies were well differentiated for microsatellite loci. Cucurbita pepo ssp. fraterna was probably C. pepo ssp. pepo’s wild ancestor, but subsequent hybridization between taxa complicate defining C. pepo ssp. pepo’s ancestor.


2.
Tesis - Doctorado
Estructura genética de los manatíes en México / Coralie Nourisson Blas
Nourisson Blas, Coralie ; Morales Vela, José Benjamín (tutor) ; McGuire, Peter M. (asesor) ; Escorza Treviño, Sergio (asesor) ; Schmitter Soto, Juan Jacobo (asesor) ;
Chetumal, Quintana Roo, México : El Colegio de la Frontera Sur , 2011
Clasificación: TE/599.550972 / N6
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Resumen en español

El manatí antillano (Trichechus manatus manatus) vive en las aguas tropicales costeras de las Antillas Mayores y del Caribe, a lo largo de América Central y del Sur, desde México hasta Brasil. Históricamente, los manatíes fueron abundantes en México; sin embargo, su caza para consumo durante el periodo precolombino, la colonización española y a lo largo de la historia de México, resultó en una reducción significativa de la población. El manatí es una especie protegida a nivel nacional e internacional. Se distribuye a lo largo de las costas y de los sistemas lagunares de México desde el estado de Tamaulipas hasta Quintana Roo, con una estimación de 1000 a 2500 manatíes para todo México. Se admite que la diversidad genética de una población es un factor importante que permite la adaptación de las especies a nuevas condiciones ambientales. Los análisis de genética son una herramienta relativamente nueva que permite hacer inferencias en la biología, comportamiento, evolución e historia de vida de las especies y poblaciones. El objetivo de esta tesis de doctorado fue determinar la estructura genética de las poblaciones de manatíes en México mediante marcadores microsatélites. Se construyó una base de datos con el perfil genético o huellas digitales de ADN para la identificación de los manatíes mexicanos para contestar preguntas de estructura de población, identificación individual y pedigrí. Para lograr estos objetivos, 98 muestras fueron analizadas mediante 16 microsatélites. La identificación individual de cada animal con 16 microsatélites fue analizada con una alta resolución. Sin embargo, los 16 microsatélites no permitieron reconstruir el pedigrí de los manatíes en libertad. Además, incluso con 30 microsatélites la resolución no fue lo suficientemente fina para alcanzar un nivel óptimo para los análisis de pedigrí de los manatíes de cautiverio con un pedigrí conocido.

La estructura genética basada en microsatélites muestra la presencia de dos poblaciones en México: la del Golfo de México y la del Caribe, particularmente de la bahía de Chetumal, con una zona de mezcla de estas dos poblaciones en la bahía de la Ascensión, ubicada al norte de la bahía de Chetumal. Se encontró que las dos poblaciones tienen poca variabilidad genética. La diversidad genética más baja se encontró en el Golfo de México, la cual es la población más grande, y probablemente sea el resultado de una combinación de efecto fundador, ya que es el ámbito de distribución más al norte de la subespecie T. m. manatus, y de un cuello de botella. La diversidad genética más grande se encontró a lo largo de la costa del Caribe, la cual es también la población con un menor número de manatíes. Esta mayor diversidad posiblemente sea causada por manatíes provenientes del Golfo de México y de Belice. Existe evidencia de un flujo genético limitado o unidireccional entre estas dos áreas importantes. Los análisis presentados en esta tesis también sugieren evidencias iniciales de que probablemente existen unos pocos migrantes entre Florida y México. Para resolver asuntos de manejo, se recomienda considerar dos poblaciones de manatíes genéticamente distintas en México, una presente a lo largo de la costa del Caribe y otra en los sistemas lagunares asociados al Golfo de México.

Resumen en inglés

The Antillean manatee (Trichechus manatus manatus) occupies the tropical coastal waters of the Greater Antilles and Caribbean, extending from Mexico along Central and South America to Brazil. Historically, manatees were abundant in Mexico, but hunting during the pre-Columbian period, the Spanish colonization and throughout the history of Mexico has resulted in the significantly reduced population occupying Mexico today. The manatee in Mexico is a protected species at national and international levels. They are found along the coastal and riverine systems of Mexico from the states of Tamaulipas to Quintana Roo with a total estimate of 1000 to 2500 manatees. It is known that genetic diversity of a population is an important factor that allows the adaptation of a species to new environmental conditions. Genetic analysis is a relatively new tool that allows one to make inferences on the biology, behavior, evolution and life history of species and populations. The goal of this PhD thesis was to determine the genetic structure of the manatee population in Mexico using microsatellite markers. A data-base with the genetic profile, or DNA fingerprint, for the identification of manatees in Mexico was constructed to address questions of population structure, individual identity and pedigree. To achieve these goals, 98 samples were analyzed using 16 microsatellite markers. The individual identification of each animal with 16 microsatellites was performed at a high resolution. Nevertheless, the 16 microsatellites do not allow one to construct the pedigree of manatees in the wild. Furthermore even with 30 microsatellites, the resolution was not enough to reconstruct pedigree analysis for captive-born manatees with known pedigree histories.

The genetic structure, using microsatellites, suggests the presence of two populations in Mexico: the Gulf of Mexico and Chetumal Bay on the Caribbean Coast, with a zone of admixture in Ascension Bay. Both populations show low genetic diversity. The lower genetic diversity found in the Gulf of Mexico, the largest manatee population in Mexico, is probably due to a combination of a founder effect, as this is the northern distribution range of the subspecies of T. m. manatus, and a bottleneck event. The greater genetic diversity observed along the Caribbean coast, which also has the smallest estimated number of individuals, is possibly due to manatees that emigrate from the Gulf of Mexico and Belize. There is evidence to support limited or unidirectional gene flow between these two important areas. The analyses presented here also suggest minimal evidence of a handful of individual migrants possibly between Florida and Mexico. To address management issues we recommend considering two distinct genetic populations in Mexico, one along the Caribbean coast and one in the riverine systems connected to the Gulf of Mexico.

Índice

Agradecimientos
Resumen y palabras claves
Abstract and keywords
Lista de contenido
Índice de cuadros
Índice de figuras
Capítulo I - Introducción
1- Las especies de manatíes
2 - Importancia de la conservación de los manatíes
3 - Distribución histórica en México
4 - Distribución actual de los manatíes en México
5 - Estudios genéticos anteriores
6 - Importancia de la genética en la biología de la conservación
7 - Objetivos de la tesis
Capítulo II - Utilización de marcadores microsatélites para la identificación individual de los manatíes
1 - Introducción
2 - Material y métodos
Análisis genético
Análisis estadístico
3 - Resultados y discusión
4 - Conclusión e implicación para el manejo y para los estudios futuros
Capítulo III - Evidencia de dos grupos genéticos de manatíes con baja diversidad genética en México e implicaciones para su conservación
1 - Introducción
2 - Métodos
Análisis de genética
Análisis estadísticos
3 - Resultados
Estructura poblacional
Diversidad genética
4 - Discusión
5 - Conclusiones y aplicación para la conservación
Capítulo IV - Estudios de pedigrí de los manatíes en cautiverio y de vida libre
1- Introducción
2 - Material y métodos
Análisis de genética
Reconstrucción de los pedigríes
3 - Resultados y discusión
4 - Conclusiones e impactos para la conservación de los manatíes y estudios futuros
Capítulo V - Conclusiones e implicaciones para el manejo
1 - Identificación individual
2 - Estructura poblacional y diversidad genética
3 - Pedigrí
Capítulo VI – Estudios futuros
1 - Microsatélites
2 - Genómica y transcriptómica

Capítulo VII - Producción científica
1 - Producción científica relacionada con el doctorado
2 - Presentación en conferencias con resumen publicado
3 - Participación en conferencia, simposio, talleres y clases
4 - Producción no relacionada con el doctorado
Literatura citada
Anexos
Anexo 1: Extracción con fenol-cloroforma
Anexo 2: Cuadro de los Alelos exclusivos y sus frecuencias
Anexo 3: Forma genética apaisada interpolada (Interpolate genetic landscape shape) construida con el programa ALLELE IN SPACE
Anexo 4: Árbol genético de los pedigríes construidos con los resultados de la reconstrucción y de los conocimientos previos procurados por los acuarios
Anexo 5: Reconstrucción de los pedigríes para los manatíes de cautiverio mediante la máxima verosimilitud (maximum likelihood) de ML-Relate


3.
- Libro con arbitraje
Estudio prospectivo de especies arbóreas promisorias para la fitorremediación de suelos contaminados por hidrocarburos / Susana Ochoa Gaona, Isidro Pérez Hernández, ... [et al.]
Ochoa Gaona, Susana ; Pérez Hernández, Isidro (coaut.) ; Frías Hernández, Julio Antonio (coaut.) ; Jarquín Sánchez, Aarón (coaut.) ; Méndez Valencia, Alejandro (coaut.) ;
Villahermosa, Tabasco, México : Secretaría de Recursos Naturales y Protección Ambiental :: El Colegio de la Frontera Sur , 2011
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Índice

Presentación
Introducción
Características de la Zona de Estudio
Métodos
Sitios seleccionados
Levantamiento de inventarios forestales
Recolecta de ejemplares botánicos y herborización
Identificación taxonómica de las especies
Descripción de las especies y su manejo
Toma de muestras de suelo y determinación del contenido de HTP
Resultados
Especies arbóreas en suelos impactados con petróleo
Contenido de HTP en el suelo
Especies arbóreas y contenido de HTP en el suelo
Abundancia y frecuencia de las especies arbóreas en los sitios
Descripción de Especies
Acacia cornígera
Acoelorrhaphe wrightii
Andira gaieottiana
Andiro inermis
Annona reticulata
Bursera simaruba
Byrsonima crassifolia
Cascaría sylvestris
Cecropia obtusifolia
Citharexylum hexangulare
Citrus aurantium
Citrus limón
Citrus sinensis
Coccoloba barbadensis
Cocos nucífera
Combretum fruticosum
Crataeva tapia
Cupania dentata
Davilta kunthii
Eugenia capulí
Guazuma ulmífolia
Inga inicuil
Inga laurina
Lonchocarpus hondurensis
Mangifera indica
Miconia albicans
Miconia argéntea
Miconia mexicana
Mimosa albida
Mimosa pigra
Myrica cerífera
Pachira aquatica
Parmentiera aculeata
Pithecellobium lanceolatum
Posoqueria latifolia
Psidium guajava
Randia aculeata
Sabaí mexicana
Scheelea liebmannii
Sotanum eríanthum
Solanum hirtum
Spondias mombín
Tabebuia rosea
Tabernaemontana alba
Thevetia ahouai
Conclusiones
Agradecimientos
Literatura Consultada
ANEXO 1. Lista de especies ordenadas por nombre común
ANEXO 2. Descriptivos de abundancia, frecuencia, de especies


4.
Artículo
*En hemeroteca, SIBE-San Cristóbal
Male flight distance and population substructure in the bumblebee Bombus terrestris
Kraus, Frank Bernhard ; Wolf, S. (coaut.) ; Moritz, R. F. A. (coaut.) ;
Contenido en: Journal of Animal Ecology Vol. 78, no. 1 (Jan 2009), p. 247-252 ISSN: 0021-8790
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36793-10 (Disponible)
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Nota: En hemeroteca, SIBE-San Cristóbal
Resumen en: Inglés |
Resumen en inglés

1. Bumblebees are important pollinators in natural as well as agricultural ecosystems. Estimates of foraging range, population size and genetic population structure so far have been based on worker samples alone. Here we include both males and workers in a population genetic analysis to infer the contribution of males to these important ecological parameters. 2. The population genetic (microsatellite) analyses of Bombus terrestris L. populations on the island of Cabrera (Spain) and Halle (Germany) revealed high heterozygosities (0·60 ± 0·08 to 0·77 ± 0·13) and neither a deviation from Hardy–Weinberg equilibrium nor linkage disequilibrium.

3. We detected five colonies (census population size) for the island population and 27 to 68 for the German mainland population. The genetic effective population sizes were N e = 7·5 for the island and 40·5 to 102 for the mainland population respectively. 4. There was a significant genetic subdifferentiation between the male and the worker population samples, suggesting that males originated from different and/or more distant colonies than workers. 5. Based on the colony numbers, we estimated the flight range of males, which ranged from 2·6 km to 9·9 km, much further than worker flight ranges. Bumblebee-mediated pollen flow will therefore be much further than expected based on the foraging range of workers alone if males also contribute to pollination.


5.
Libro
Microsatellites: evolution and applications / edited by David B. Goldstein and Christian Schlötterer
Goldstein, David B. (ed.) ; Schlötterer, Christian (coed.) ;
Oxford : Oxford University , 1999
Clasificación: 574.87328 / M5
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SAA008198 (Disponible)
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